Vị trí phát sinh chủng loài của Stephanoaetus coronatus là khác nhau trong các nghiên cứu cũng như trong các phương pháp phân tích khác nhau. Lerner & Mindell (2005) cho rằng loài này là rẽ ra sớm nhất sau khi có sự chia tách của diều châu Á (Nisaetus) và diều Tân thế giới (Spizaetus),[8] trong khi Helbig et al. (2005)[9] hay Griffiths et al. (2007)[10] tìm thấy sự hỗ trợ cho mối quan hệ chị em giữa S. coronatus và Nisaetus nhưng Haring et al. (2007) không tìm thấy mối quan hệ họ hàng gần của S. coronatus và Nisaetus.[11] Trong phân tích của Lerner et al. (2017) cũng tồn tại sự khác biệt vị trí của S. coronatus khi sử dụng các phương pháp phân tích khác nhau (sử dụng dữ liệu nhân hay ti thể).[12] Khi chỉ sử dụng dữ liệu nhân thì S. coronatus có thể thuộc nhánh rẽ ra sớm của Nisaetus hoặc là loài rẽ ra sớm nhất trong phân họ Aquilinae. Khi chỉ sử dụng dữ liệu ti thể thì S. coronatus rẽ ra sau cả Nisaetus và Spizaetus. Khi sử dụng kết hợp dữ liệu nhân và ti thể thì S. coronatus là rẽ ra sớm nhất trong nhánh Nisaetus, với độ hỗ trợ tự khởi động mạnh (bv = 100) nhưng độ hỗ trợ Bayer thấp (bpp = 0,69). Vì thế gợi ý tốt nhất hiện tại là duy trì chi đơn loài này.